ปุ๋ยอินทรีย์มีข้อเด่นที่เหนือกว่าปุ๋ยเคมี คือ ปุ๋ยอินทรีย์มีอินทรีย์วัตถุ มีธาตุอาหารรอง และจุลธาตุที่จำเป็นต่อจุลินทรีย์ดินและพืช ที่ปุ๋ยเคมีไม่มี นอกจากนี้ การใช้ปุ๋ยอินทรีย์ยังทำให้ดินมีสภาพเป็นกลาง ในขณะที่การใช้ปุ๋ยเคมีอย่างยาวนานจะทำให้ดินมีสภาพเป็นกรดซึ่งมีผลทำให้มีการละลายแร่ธาตุที่ไม่พึงประสงค์ออกมาให้แก่รากพืช เช่น อะลูมิเนียม ทำให้พืชมีลักษณะแคระแกร็นและเป็นโรคง่าย ปุ๋ยอินทรีย์ยังเพิ่มจำนวนจุลอินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ และสิ่งมีชีวิตตามธรรมชาติ ทำให้ดินมีโครงสร้างโปร่ง ร่วนซุย อ่อนนุ่มอุ่มน้ำ